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第一章 动物发育中的“调控基因组”1

基本构架1

DNA编码的调控装置3

基因组、基因与基因组中的“间隔”3

调控结构概述8

基因调控网络11

发育中的调控需求16

发育特化中调控信息的解读与产生16

基因表达的空间特异性18

从区域特化到终末分化21

演化、发育与调控基因组27

第二章 顺式调控模块，调控逻辑的结构／功能基础31

通用性规则31

基因组顺式调控单位的基本特征——模块化33

顺式调控模块内部的逻辑加工与输入／输出关系47

顺式调控逻辑处理器：实例48

靶位点结合率与转录输出57

顺式调控逻辑编码的联合性59

顺式调控设计61

空间输入信息在顺式调控水平的整合61

抑制性调控与顺式调控设计的多样性68

顺式调控设计与发育中空间表达复杂性的产生73

由相隔较远的顺式调控元件之间序列特异性相互作用产生的调控78

发育与BTA的特异性79

序列特异性的，基因内和基因间的染色体环化的调控功能80

第三章 发育是一个调控状态特化的过程87

原肠胚之前的发育过程87

胚胎发生的单向性88

体轴极性的母源性各向异性与外源因子诱导90

空间调控的复杂性与卵裂球间的信号传递94

区域化100

胚胎发育与其背后的基因调控网络结构的比较研究102

1型胚胎较简单的基因调控网络103

更复杂的胚胎发育形式109

成体结构建成中的调控状态与网络线路114

胚后发育过程的步骤114

前体域的概念115

前体域调控状态的再分121

躯体构型的发育与生物演化122

第四章 发育中的基因调控网络：它们是什么，如何工作以及它们意味着什么125

发育基因调控网络的一般性结构特征126

网络的基本结构127

从不同层次看基因调控网络：从支路到流程图135

网络组件的质的多样性136

扩展140

胚胎发育中的基因调控网络144

海胆的内中胚层调控网络144

爪蟾胚胎中胚层特化中的基因调控网络159

果蝇胚胎背腹轴区域特化中的基因调控网络166

成体结构建成的网络调控175

胰腺β细胞特化的调控网络176

线虫味觉神经元终末分化调控网络中由小RNA介导的细胞命运排除180

结论184

第五章 基因调控网络：动物演化的因果性与多样性之根源187

基因调控网络的结构与功能对于演化的启示188

基因调控网络的构件与演化变异的性质188

基因调控网络的改变可以引起林奈分类系统中不同层次的演化后果195

两侧对称动物基因调控网络的核心单元，预测的与实际的情形196

说明与一点提醒197

两侧对称动物神经系统的区域特化200

两侧对称动物的消化道212

两侧对称动物心脏前体域特化过程中可能存在一个共有的调控核心218

核心单元的分布221

两侧对称动物躯体构型的种系内演化：hox基因作为可变的网络输入／输出开关223

hox基因表达的多种功能性后果223

几个例子：区域性抑制与图式化信息的输出及躯体结构多样性的演化224

hox基因次级网络与空间演化233

后生动物的起源与核心元出现之前的基因网络235

按时间解析两侧对称动物的基因调控网络235

结论与回顾：动物发育与演化的原理239

参考文献241

图版出处275

索引279